Ocorrências de Ilhas CpG em Sequências de DNA

Autores

  • Cleonis Viater Figueira Universidade Federal do Rio Grande do SulUniversidade Tecnológica Federal do Paraná https://orcid.org/0000-0001-7175-0069
  • Sílvia Regina Costa Lopes Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Palavras-chave:

Sequências de DNA, Ilhas CpG, Metilação

Resumo

O presente trabalho apresenta uma comparação entre três cromossomos de diferentes organismos: cromossomo 12 do Saccharomyces cerevisiae, o cromossomo 22 do Homo sapiens e o cromossomo 3L da Drosophila melanogaster. O objetivo e analisar a incidência de dinucleotídeos CpG em intervalos da sequência de DNA de cada cromossomo, procurando a existência ou não de ilhas CpG (ICpG). Segundo a literatura, a D.melanogaster e o S.cerevisiae não apresentam metilação ou trazem forte supressão de metilação, uma alteração da citosina do dinucleotídeo CpG que ocorre de forma signicativa nas ICpG. A existência de metilação nestas ilhas e questão importante para a pesquisa no âmbito das mutações e patologias relacionadas a diferentes tipos de doencas. Algumas simulações de Monte Carlo da ocorrência de metilação em ICpG são também apresentadas.

Biografia do Autor

Cleonis Viater Figueira, Universidade Federal do Rio Grande do SulUniversidade Tecnológica Federal do Paraná

Departamento de Matemática

Área de Probabilidade e Estatística Matemática

Sílvia Regina Costa Lopes, Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Departamento de Matemática e Estatística

Programa de Pós-Graduação em Matemática

Probabilidade e Estatística Matemática

Referências

ANTEQUERA, F.; BIRD, A. Number of CpG islands and genes in human and mouse. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 90, p. 11995-11999, 1993.

BIRD, A.; TATE, P.; NAN, X.; CAMPOY, J.; MEEHAN, R.; CROSS, S.; TWEEDIE, S.; CHARLTON, J.; MACLEOD, D. Studies of DNA methylation in animals. Journal of Cell Science, v. 19, p. 37-39, 1995.

GARDINER-GARDEN, M.; FROMMER, M. CpG islands in vertebrate genomes. Journal of Molecular Biology, v. 196, p. 261-282, 1987.

MODEL, F.; LEWIN, J.; LOFTON-DAY, C.; WEISS, G. Analysis of DNA methylations in cancer. in: Wiuf, C. and Andersen, C.L. (orgs.), Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford: Oxford University Press. 2009. 217p.

R CORE TEAM. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. 2012. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/.

WU, H.; CAFFO, B.; JAFFEE, H.A.; IRIZARRY, R.A.; FIENBERG, A.P. Redening CpG islands using hidden Markov models. Biostatistics, Oxford Journals, v. 11, n. 3, p. 499-514, 2010.

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Arquivos adicionais

Publicado

17-01-2015

Como Citar

Figueira, C. V., & Lopes, S. R. C. (2015). Ocorrências de Ilhas CpG em Sequências de DNA. Sigmae, 2(3), 100–106. Recuperado de https://publicacoes.unifal-mg.edu.br/revistas/index.php/sigmae/article/view/216

Edição

v. 2 n. 3 (2013): Special Issue: 58th RBRAS (Reunião da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria)

Seção

Estatística Aplicada

Licença

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