Ocorrências de Ilhas CpG em Sequências de DNA
Palabras clave:
Sequências de DNA, Ilhas CpG, MetilaçãoResumen
O presente trabalho apresenta uma comparação entre três cromossomos de diferentes organismos: cromossomo 12 do Saccharomyces cerevisiae, o cromossomo 22 do Homo sapiens e o cromossomo 3L da Drosophila melanogaster. O objetivo e analisar a incidência de dinucleotídeos CpG em intervalos da sequência de DNA de cada cromossomo, procurando a existência ou não de ilhas CpG (ICpG). Segundo a literatura, a D.melanogaster e o S.cerevisiae não apresentam metilação ou trazem forte supressão de metilação, uma alteração da citosina do dinucleotídeo CpG que ocorre de forma signicativa nas ICpG. A existência de metilação nestas ilhas e questão importante para a pesquisa no âmbito das mutações e patologias relacionadas a diferentes tipos de doencas. Algumas simulações de Monte Carlo da ocorrência de metilação em ICpG são também apresentadas.
Citas
ANTEQUERA, F.; BIRD, A. Number of CpG islands and genes in human and mouse. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 90, p. 11995-11999, 1993.
BIRD, A.; TATE, P.; NAN, X.; CAMPOY, J.; MEEHAN, R.; CROSS, S.; TWEEDIE, S.; CHARLTON, J.; MACLEOD, D. Studies of DNA methylation in animals. Journal of Cell Science, v. 19, p. 37-39, 1995.
GARDINER-GARDEN, M.; FROMMER, M. CpG islands in vertebrate genomes. Journal of Molecular Biology, v. 196, p. 261-282, 1987.
MODEL, F.; LEWIN, J.; LOFTON-DAY, C.; WEISS, G. Analysis of DNA methylations in cancer. in: Wiuf, C. and Andersen, C.L. (orgs.), Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford: Oxford University Press. 2009. 217p.
R CORE TEAM. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. 2012. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/.
WU, H.; CAFFO, B.; JAFFEE, H.A.; IRIZARRY, R.A.; FIENBERG, A.P. Redening CpG islands using hidden Markov models. Biostatistics, Oxford Journals, v. 11, n. 3, p. 499-514, 2010.
Descargas
Archivos adicionales
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Proposta de Política para Periódicos de Acesso Livre
Autores que publicam nesta revista concordam com os seguintes termos:
- Autores mantém os direitos autorais e concedem à revista o direito de primeira publicação, com o trabalho simultaneamente licenciado sob a Licença Creative Commons Attribution que permite o compartilhamento do trabalho com reconhecimento da autoria e publicação inicial nesta revista.
- Autores têm autorização para assumir contratos adicionais separadamente, para distribuição não-exclusiva da versão do trabalho publicada nesta revista (ex.: publicar em repositório institucional ou como capítulo de livro), com reconhecimento de autoria e publicação inicial nesta revista.
- Autores têm permissão e são estimulados a publicar e distribuir seu trabalho online (ex.: em repositórios institucionais ou na sua página pessoal) a qualquer ponto antes ou durante o processo editorial, já que isso pode gerar alterações produtivas, bem como aumentar o impacto e a citação do trabalho publicado (Veja O Efeito do Acesso Livre).